Ærø kommun är en dansk kommun som består av öarna Ærø och Birkholm. Den ligger i Region Syddanmark. Ærø kommun har inv. (2007) och är 90,45 km². Kommunens centralort är Ærøskøbing.
Ærø kommun, som bildades genom en sammanslagning av Marstals kommun och Ærøskøbings kommun den 1 januari 2006, ett år före kommunreformen, ingår i kommunreformen, som var gällande från 1. juli 2005.